TUGAS REKGEN review jurnal

Nama               : Siti Apriliyanti Khodijah

  Nanda Dwi Martina

Prodi/Kelas     : Biologi/B

Tugas Review Jurnal

1.      Optimasi Isolasi DNA Cabai (Capsicum annuum L.) Berdasar Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun serta Teknik Penggerusan

Tahapan isolasi DNA :

Isolasi DNA tanaman cabai dilakukan menurut prosedur kit isolasi Plant DNAMITE dari Microzone. Daun digerus dalam mortar dan pelisisan dinding sel dilakukan dengan penambahan buffer LA. Degradasi RNA dilakukan dengan penambahan RNAse, kemudian diinkubasi 10 menit pada suhu ruang. Ekstraksi DNA dilakukan dengan buffer PA dan disentrifugasi 10.000 rpm selama 5 menit. Supernatan yang mengandung DNA dimurnikan dengan buffer CA, diinkubasi selama 10 menit pada suhu ruang, dan disentrifugasi 12.000 rpm selama 10 menit. Supernatan dibuang, pelet yang masih berwarna hijau dilarutkan dalam buffer TE dan disentrifugasi kembali 10.000 rpm selama 2 menit. Supernatan diambil dan disimpan pada suhu -4^oC. Hasil isolasi DNA dilihat dengan elektroforesis gel agarosa 0,8%. Gel diwarna dengan pewarna Good View. Sampel yang dituang ke sumuran adalah 5 µL DNA ditambah 1 µL loading dye. Elektroforesis dijalankan pada tegangan 100 V selama 30 menit. Analisis data dilakukan berdasarkan elektroforegram.

2.      Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan Isolasi DNA Tanaman Suren (Toona Sureni Merr.)untuk Analisis Keragaman Genetik berdasarkanRandom Amplified PolymorphicDNA (RAPD)

Tahapan isolasi DNA

Metode 1, dilakukan berdasarkan metode dari Doyle dan Doyle (1987) dalam Ardiana (2009) yang dimodifikasi. Sebanyak 200 mg sampel tanpa tulang daun ditambah PVP 0,02 g digerus dengan nitrogen cair hingga halus (tepung). Selanjutnya hasil gerusan dipindahkan ke dalam tabung eppendorf ukuran 1,5 ml, lalu ditambah 0,5 ml buffer ekstraksi CTAB (1,4 M NaCl, 2% CTAB, 50 mM EDTA, 1 M Tris-HCl pH 8,0 dan 0,2% ß-mercaptoetanol). Proses lisis dinding sel dilakukan dengan menginkubasi tabung berisi sampel daun ke dalamwaterbath suhu 65^oC selama 60 menit. Tabung diangkat dari waterbath dan dibiarkan beberapa menit sampai suhu sampel dalam tabung menurun. Selanjutnya ditambah khloroform : isoamilalkohol (CIA 24:1) 500 μl. Tabung dikocok menggunakan vortex, kemudian disentrifugasi pada kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Supernatan dipindahkan ke dalam tabung bar lalu ditambahkan isopropanol dingin sebanyak 1 volume, dibolak-balik perlahan hingga tampak benang DNA. Sampel kemudian dibiarkan mengendap selama semalam dalam lemari pendingin pada suhu 4^oC. Setelah diendapkan semalam, sampel kemudian disentrifugasi selama 15 menit pada kecepatan 10.000 rpm. Pellet DNA yang terbentuk di dasar tabung kemudian dikering udarakan. Setelah itu ditambahkan 100 µl ddH2O dan disimpan dalam lemari pendingin (-4^oC).

Metode 2, Sebanyak 200 mg sampel daun muda digerus hingga halus lalu ditambahkan 500 µl buffer CTAB (100 mM Tris HCl pH 8,0; 1,4 M NaCl; 20 mM EDTA; 2% CTAB; 0,2% ß-mercaptoetanol), divortex selama 15 menit dan diinkubasi dalam waterbath pada suhu 65^oC selama 60 menit. Selanjutnya ditambah kloroform 100 µl dan disentrifugasi pada 10.000 rpm selama 5 menit.Supernatan dipindahkan ke dalam tabung baru dan ditambahkan 800 µl isopropanol dan diendapkan semalam pada suhu 4^oC. Sentrifugasi pada kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Endapan DNA yang diperoleh, dikeringkan pada suhu 37^oC selama 15 menit. Purifikasi dilakukan dengan menambahkan 500 µl buffer TE 1x (10 mM Tris-HCl pH 7,5; 1 mM EDTA) dan 100 µl fenol, lalu dibolak-balik secara perlahan. Selanjutnya disentrifugasi selama 10 menit pada kecepatan 10.000 rpm. Supernatan dipindahkan ke dalam tabung eppendorf baru dan ditambahkan 100µl kloroform lalu dibolak-balik.Selanjutnya disentrifugasi pada kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Supernatan diambil lalu ditambahkan 100 µl natrium asetat 3 M dan 800 µl isopropanol, lalu disentrifugasi selama 10 menit pada kecepatan 10.000 rpm. Endapan diambil dan dikeringkan lalu ditambahkan 100 µl ddH2O dan disimpan dalam lemari pendingin (-4^oC).

3.      Perbandingan Jurnal 1 dan Jurnal 2

A.    Tahap lisis

Jurnal 1 menjelaskan bahwa proses lisis dinding sel dilakukan dengan menginkubasi tabung berisi sampel daun ke dalam waterbath pada suhu 65C selama 60 menit. Kemudian tabung tersebut diangkat dari waterbath dan dibiarkan beberapa menit sampai suhu sampel dalam tabung menurun dan ditambahkan kloroform (secara fisik). Tahap lisis pada jurnal 2 yaitu daun digerus daam mortar dan pelisisan dinding sel dilakukan dengan penambahan Buffer LA.

B.     Tahap Ekstraksi

Ekstraksi DNA pada jurnal 1 dilakukan dengan Buffer PA dan disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 5 menit. Supernatan yang mengandung DNA dimurnikan dengan Buffer CA dan diinkubasi selama 10 menit sedangkan jurnal 2 menyebutkan bahwa sentrifugasi pada kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit.

C.     Tahap Pemurnian dan Pencucian

Pemurnian tidak ditemukan pada jurnal 1 tetapi dijelaskan bahwa DNA melalui proses pendingnan dengan suhu -4^oC, sedangkan pada jurnal 2 menyebutkan bahwa pemurnian DNA menggunakan 800 µl isopropanol dan diendapkan semalam pada suhu -4^oC.