TUGAS REKGEN Desain Primer

Desain primer gen cytochrome oxidase I (COI) pada Ikan Karang anggota Famili Pseudochromidae (DOTTYBACK) untuk identifikasi spesies

Langkah pertama yaitu, membuka alamat www.ncbi.nlm.nih.gov kemudian setelah masuk ke halaman NCBI akan muncul kolom pencarian. Pada kolom tersebut diubah dalam pencarian Gene, kemudian diketik gen yang akan dicari yaitu gen COI.

Kemudian setelah diketik gen yang akan dicari yaitu gen COI maka akan muncul berbagai jenis nama gen COI, kemudian di klik gen target. Karena dalam desain primer gen yang dipakai yaitu pada anggota ikan maka di klik COI cytochrome c oxsidase subunit 1 [Acanthurus lineatus (lined surgeonfish).

Setelah di klik gen COI yang sesuai maka akan muncul layar seperti pada gambar diatas, kemudian di klik FASTA.

  

Setelah klik FASTA maka akan muncul urutan basa nukleotida, kemudian basa nukleotida di block dan di copy-paste di microsoft word kemudian diedit untuk menghilangkan spasi.   

Langkah selanjutnya yaitu kembali ke halaman www.ncbi.nlm.nih.gov kemudian di scrol kebawah dan di klik pada Primer-BLAST.

  

Selanjutnya yaitu urutan basa nukleotida yang sudah diedit dan dihilangkan spasi nya kemudian di copy-paste pada kolom yang sudah ada pada primer-BLAST. Dan diisi berapa produk size yang di inginkan.

Kemudian di scrol kebawah dan di klik Get Primer, sebelum diklik Get Primer diklik terlebih dahulu kotak kecil sebelah Get Primer.

Setelah di klik get primer maka akan muncul hasil desain primer dan dilihat desain primer yang menghasilkan produk paling banyak yaitu pada primer pair 3. Dan dilihat susunan primer forward dan reversenya.

By: Nanda Dwi Martina dan Siti Apriliyanti K. (Biologi B)